新疆乌鲁木齐旅游官方网了解到，新疆昌吉恐龙馆主要分为科普教育区、科普互动区、学术研讨区、商务交流区四个区。
新疆昌吉恐龙馆的科普教育区主要展示在新疆挖掘的中加马门溪龙、江氏单脊龙、苏氏巧龙、戈壁克拉美丽龙、董氏中华盗龙，以及在准噶尔盆地和吐鲁番盆地采集的大量的脊椎动物化石，如古鳕类、叉鳞鱼、假鳄类、水龙兽、肯氏兽、恐龙、龟鳖类、桃树园吐鲁番鳕、六道湾乌鲁木齐鲵、博格达吐鲁番兽头骨、准噶尔翼龙头骨等化石和小新疆猎龙、乌尔禾龙化石100多块。
新疆昌吉恐龙博物馆的科普互动区主要有4D电影院、3D影院，高科技手段的与恐龙互动游戏；学术研讨区主要有能容纳60人的国际会议交流中心、能容纳20人的贵宾室，有近2000平方米可进行各种学术研讨的临展区以及在新疆昌吉恐龙博物馆一层后厅设立了近600平方米的纪念品超市商务区。